1、聚类，确定新蛋白类别
（1）NCBI blast
（2）foldseek结构检索
https://search.foldseek.com/search
AlphaFold3预测新蛋白结构，上传预测PDB文件，search，在AFDB50(1000)一列的Description和PDB100一列中查看结构类似于哪类蛋白
（3）构建进化树
2、DED标注
（1）多序列比对
到Caspedia查已发表蛋白的结构信息，然后找到对应的文献带上DED位置
如没有已发表的蛋白，可以将两个相邻树枝的两类Cas蛋白（或者NCBI中最相似、次相似的）一同来进行序列比对，其中一类有已发表的
注：序列尽量多，才有真实性
（2）结构比对
A.将已发表的蛋白结构与新蛋白在pymol中进行活性位点比对
B.在foldseek中的AFDB50中找前10个序列，进行多序列比对，然后把它们再用foldmason进行结构比对
PPT里展示：
- 聚类比对信息，分别包含DED三个位置。
- 色块图，标记DED（PPT右下角列出参考文献）
注：展示单个的蛋白结构时色块图和结构图颜色一致 - 结构图两张，一张展示已发表蛋白结构和新蛋白结构super情况，一张展示DED位置，（PPT右下角列出已发表的PDB号码）
注：已发表蛋白结构颜色浅一些，新发表蛋白颜色深一些，DED位置用鲜艳的颜色，背景设置透明