局强化网站建设和管理,做网页设计卖钱的网站,下载应用商店app,qq刷网站空间动动发财的小手#xff0c;点个赞吧#xff01; 1. 数据 今天#xff0c;我们将继续回顾我们在上一次中研究的 Myc ChIPseq。这包括用于 MEL 和 Ch12 细胞系的 Myc ChIPseq。 可在此处[1]找到 MEL 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件可在此处[2]找到 Ch12 细胞系中 Myc ChIP…动动发财的小手点个赞吧 1. 数据 今天我们将继续回顾我们在上一次中研究的 Myc ChIPseq。这包括用于 MEL 和 Ch12 细胞系的 Myc ChIPseq。 可在此处[1]找到 MEL 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件可在此处[2]找到 Ch12 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 在数据目录中我们按照上一节中概述的处理步骤提供了来自 MACS2 的峰值调用。 MEL 和 Ch12 细胞系中 Myc 的峰值调用可以在 data/peaks/ data/peaks/Mel_1_peaks.xlsdata/peaks/Mel_2_peaks.xlsdata/peaks/Ch12_1_peaks.xlsdata/peaks/Ch12_1_peaks.xls 2. ChIP Peaks 在上一节中我们回顾了如何使用 MACS2 等峰值调用程序识别假定的转录因子结合位点。 library(GenomicRanges)macsPeaks - data/peaks/Mel_1_peaks.xlsmacsPeaks_DF - read.delim(macsPeaks,comment.char#)macsPeaks_GR - GRanges(seqnamesmacsPeaks_DF[,chr], IRanges(macsPeaks_DF[,start],macsPeaks_DF[,end]))mcols(macsPeaks_GR) - macsPeaks_DF[,c(abs_summit, fold_enrichment)]macsPeaks_GR[1:5,] macsPeaks_GR 3. 基因注释 由于转录因子如名称所示可能调节其靶基因的转录我们使用 ChIPseeker 包将代表潜在转录因子结合事件的峰与其重叠或最接近的 mm10 基因相关联。 library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)library(ChIPseeker)peakAnno - annotatePeak(macsPeaks_GR, tssRegionc(-1000, 1000), TxDbTxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene, annoDborg.Mm.eg.db) peakAnno 这使我们能够生成峰及其预测目标基因的 GRanges 或数据框。 annotatedPeaksGR - as.GRanges(peakAnno)annotatedPeaksDF - as.data.frame(peakAnno)annotatedPeaksDF[1:2, ] 参考资料 [1] Data1: https://www.encodeproject.org/experiments/ENCSR000EUA/ [2] Data2: https://www.encodeproject.org/experiments/ENCSR000ERN/ 本文由 mdnice 多平台发布
